Entre 2006 e 2007 foram realizadas sete consultas públicas nos municípios do entorno da baía onde a proposta foi amplamente debatida pela população local. Nesta o Instituto Chico Mendes e o Ibama aproveitam a oportunidade para ampliar a discussão com a sociedade destacando os benefícios da criação desta UC ao importante estuário e às pessoas que dependem dos seus recursos naturais preservados.
Com a criação, garante-se a sintonia das atividades produtivas da região com a conservação da natureza e das espécies da fauna existentes na Reserva. Atualmente, mais de 2 mil famílias de pescadores artesanais fazem uso dos recursos naturais da Reserva, como meio de subsistência. Maricultores cultivam mexilhões e ostras nas águas da baía, o turismo é uma atividade em expansão na região, além da Babitonga se destacar como uma importante área portuária do Estado. Por outro lado, espécies ameaçadas, como o Boto Cinza (Sotalia guianensis), a Toninha (Pontoporia blainvillei) e o Mero (Epinephelus itajara) (espécie sobre-explotada) dependem da qualidade ambiental da área e serão beneficiados pela criação desta unidade de conservação.
Na região existem 6.200 hectares de manguezal, um dos ecossistemas mais produtivos e ameaçados no mundo e “habitat” exclusivo do Caranguejo-Uçá (Ucides cordatus), espécie sobre-explotada. Pretende-se, ainda, fomentar a realização de pesquisas que subsidiem a gestão da pesca do Robalo (Centropomus spp.), bem como das atividades de maricultura (cultivo de mexilhão e ostras), realizada na baía da Babitonga.
Portaria do Ministério do Meio Ambiente (N° 09/2007) definiu as Áreas Prioritárias para a Conservação da Biodiversidade no Brasil, e tanto a área da baía da Babitonga quanto o seu entorno são considerados de alta prioridade para ações de conservação, utilização sustentável e repartição dos benefícios da biodiversidade brasileira.
Vítima da degradação proveniente da ocupação humana desordenada, a baía da Babitonga vem sofrendo ao longo dos anos sérias ameaças à sua conservação, tais como a poluição de suas águas por dejetos industriais e domésticos, o assoreamento acelerado provocado pelo desmatamento, a pesca ilegal, a ocupação ilegal das áreas públicas, as obras mal dimensionadas e os aterros dos bosques de mangue.
A Reserva de Fauna é a categoria de UC que melhor reflete as necessidades de conservação da baía da Babitonga. Este tipo de unidade compatibiliza a conservação da natureza e o uso sustentável de parcela de seus recursos naturais, adequando-se aos diversos tipos uso da baía como a pesca artesanal, maricultura e o turismo. (Ibama)