Indicado pelo vice-presidente da República, José Alencar, de quem é correligionário no PRB, Mangabeira Unger tomou posse em 19 de junho de 2007. Em dois anos de pasta, o ministro coordenou a elaboração e a negociação com os estados do Plano Amazônia Sustentável (PAS) e a Estratégia Nacional de Defesa. Mangabeira ainda articulava projetos regionais para as regiões Nordeste e Centro-Oeste.
Para se reapresentar à universidade norte-americana, é preciso que Mangabeira seja exonerado. Oficialmente, o ministro deixa o governo porque expira sua licença como professor e ele perderia o posto de professor titular. Há informação, não confirmada, de que o ministro pretendia trocar de partido e por isso perderia apoio do PRB
Nos dois anos em que comandou a Secretaria de Assuntos Estratégicos, Mangabeira polemizou com a área ambiental do governo. Primeiro, com a ex-ministra Marina Silva, que saiu do Ministério do Meio Ambiente por não ter ficado com a coordenação do PAS (ganha por Mangabeira). O sucessor de Marina, Carlos Minc, também teve divergências públicas com o ministro em função de críticas ao licenciamento ambiental e ao andamento do PAS.
Mangabeira fez também críticas à condução do Bolsa Família, pois defendia que o governo deveria oferecer porta de saída aos beneficiários do programa e focar os estratos mais próximos de se integrar à classe média.
Roberto Mangabeira Unger é carioca, nascido em 1947 e formado na antiga Faculdade Nacional de Direito. (Fonte: Agência Brasil)